Seit dem Jahr 2000 bietet die Hochschule Neu-Ulm berufsbegleitende MBA-Studiengänge an. Das Angebot richtet sich an Unternehmen aus der Region und junge Führungskräfte unter den Ärzten, Ingenieuren und IT-Kräften, die sich nach erfolgreichem Abschluss ihres Erststudiums und ersten Jahren praktischer Berufserfahrung in Unternehmensführung, Management und Betriebswirtschaftslehre gezielt weiterbilden wollen.

Der Studiengang "Strategisches Informationsmanagement" wurde 2011 mit dem Gütesiegel der "Foundation for International Business Administration Accreditation" (FIBAA) ausgezeichnet. Die Studiengänge "Betriebswirtschaft" sowie "Betriebswirtschaft für Ärzte" waren bereits durch die FIBAA akkreditiert und wurden 2011 erfolgreich reakkreditiert.