Vor der Zulassung zum eigentlichen Promotionsstudium ist in der Regel eine sog. Qualifizierungsphase zu durchlaufen, deren Dauer und Inhalt von jeder einzelnen Promotionsordnung anders definiert wird.

Die Vielfalt der Bestimmungen ergibt sich vor allem daraus, dass die Gestaltung der Promotionsordnungen weder landes- noch universitätseinheitlich ist, sondern vielmehr den einzelnen Fakultäten obliegt.

Seit der Reform des Hochschulgesetzes im Sommer 2006 sind auch in Bayern sog. kooperative Promotionen möglich. Die Doktorandinnen und Doktoranden werden von je einer Professorin oder einem Professor der HNU und einer Universität betreut, begutachtet und geprüft. Diese Neuerung ermöglicht es der HNU, verstärkt anwendungsbezogen zu forschen und vor allem eigenen akademischen Nachwuchs auszubilden.